行政处罚决定仅是对行政违法行为的一种制裁，其本身不能取代正常的审批手续。因此房地产公司擅自提高建筑容积率的，在接受处罚之后，还应依据有关规定办理容积率调整审批手续，并向国土管理部门补缴相应土地出让金。

2010年7月，A房地产公司与B县国土局签订《土地使用权出让合同》，根据规划设计条件书，容积率约定为2.0（上限）。2012年3月，经县相关职能部门组织验收，A房地产公司项目建设实际容积率已达3.23，其未经有权机关批准擅自提高容积率的行为已经违反法律的强制性规定。2012年4月，B县规划局对A房地产公司作出行政处罚决定。2012年12月，B县国土局依据有关规定向A房地产开发公司下达《土地出让金补缴决定书》，要求其就容积率改变补缴相应土地出让金。

《城乡规划法》第四十三条规定，建设单位应当按照规划条件进行建设；确需变更的，必须向城市、县人民政府城乡规划主管部门提出申请。A房地产公司未经批准擅自改变容积率的行为已构成了行政违法，客观事实不容置疑，B县规划局对其作出行政处罚决定有理有据。

然而，行政处罚决定仅是对行政违法行为的一种制裁，其本身不能取代正常的审批手续。因此，本案中，A房地产公司还应依据有关规定办理容积率调整审批手续，并向B县国土局补缴相应土地出让金。因为，A房地产公司的行为既然构成行政违法，其就应当承担相应的法律后果，除违约责任、行政处罚责任外，就容积率变更补缴相应土地出让金也是其中之一。它是为了避免给当事人造成更大损失而采取的一种补救措施，其与规划部门的行政处罚是两码事，二者不能混为一谈，更不能因职能部门已对其进行过行政处罚而取代其应承担的就容积率改变补缴土地出让金的义务。

《国务院关于加强国有土地资产管理的通知》（国发[2001]15号）规定，土地使用者需要改变原批准的土地用途、容积率等、必须依法报经市、县人民政府批准。对出让土地，凡改变土地用途、容积率的，应按规定补交不同用途和容积率的土地差价。《关于进一步规范国有土地使用权出让收支管理有关问题的通知》（湘财综（2007）65号）也规定，改变国有土地使用权出让合同约定的容积率但不改变土地用途的，应当补缴的土地价款按照该宗地现时市场价下不同容积率的地价之差全额缴纳，或者按该宗地现时市场价下楼面地价乘以新增建筑面积后的金额全额缴纳。

因此，A房地产公司应另外补缴土地出让金，其以之前的行政处罚予以对抗的理由不能成立。